Особое место занимают инфекции иммунной системы. Возбудителями инфекций, развивающихся на территории органов иммунной системы, являются вирусы: иммунодефицита человека (ВИЧ), Эпштейна-Барр (ЭБВ), краснухи, цито-мегаловируса (ЦМВ), герпесвирусы, а также простейшие — токсоплазма. Все
эти инфекции объединяет то, что их основным или временным местом пребывания являются непосредственно органы иммунной системы (лимфоциты, лимфоузлы, селезенка и т.д.). Общим для них является лимфаденит и/или увеличение в крови мононуклеарных клеток (лимфоцитов и/или моноцитов). Как следствие, данные инфекции сопровождаются развитием клинически значимых дефектов иммунитета той или иной степени выраженности. У взрослых возможны разнообразные клинические симптомы или почти бессимптомное течение. Единственным маркером наличия этих инфекций часто выступают тяжелые и торпидные оппортунистические инфекции.