Общеизвестна высокая естественная устойчивость НТБМ к большинству противотуберкулезных и антибактериальных препаратов, обычно не применяющихся для лечения туберкулеза. Трудности лечения микобактериоза побудили исследователей углубленно заниматься изучением лекарственной чувствительности НТМБ. Несмотря на большое число исследований в этом направлении, ученые так и не пришли к единому мнению о средствах и способах лечения микобактериоза. Одни авторы считают, что микобактериоз, вызванный MAC, излечивается как бы вопреки терапевтическим назначениям, а при микобактериозе, вызванном М. intracel-lulare, напротив, химиотерапия играет важнейшую роль. Другие сообщают об успешном лечении МАС-инфекции у больных СПИДом с использованием комбинированной терапии.
НТМБ обладают высокой естественной резистентностью к АБП, в связи с этим для лечения микобактериоза следует применять комбинации из 3 и более препаратов, включающие как противотуберкулезные, так и антибактериальные средства, обычно не применяющиеся при туберкулезе. Индивидуальный курс лечения следует назначать на основании антибиотикограммы выделенного возбудителя. Однако отмечается, что лечение больных микобактериозом иногда бывает успешным, несмотря на устойчивость культуры к АБП в опытах invitro.