Обеспечивают быстрое, специфичное, надежное выявление основных антигенов. При бактериаль­ных менингитах ЦСЖ является лучшим экземпляром; моча иногда полезна для установления диагноза; сыворотка крови обычно бесполезна. Чувствительность может быть доказана путем анализа сыворотки, мочи и ЦСЖ.

Наиболее эффективны эти методы для идентификации Haemophilus influenzae типа В, Streptococcus

pneumoniae, Neisseria meningitidis (группы А и С), стрептококков группы В. Отрицательный ре­зультат исследования однозначно не исключает инфекцию, обусловленную микроорганизмом

  •  CIE и латексная агглютинация замещены более чувствительными и специфичными молекуляр­ными биологическими тестами для выявления основных бактериальных антигенов в любой жид­кости организма (ЦСЖ, сыворотка, моча, суставная жидкость).
  •  ТИФА в значительной степени заменил радиоиммунное обследование (РИО). Комплекты ТИФА для определения групп (3-гемолитического стрептококка доступны. Ч/С ниже, чем в культуре.
  •  Иммунная ПЦР дает чувствительность определения Staphylococcus aureus,1 Escherichia coli, Streptococcus группы А выше (100-105-fold), чем ТИФА.

Для вирусов см. ниже.

Применение

Повышенный Ч/С для идентификации. Чувствительность выше, чем культура на вирусы.

Более ранняя диагностика: до появления антител в серологических тестах.

Подтверждение культуры.

Не требуются особые условия транспортировки материала.

Идентификация микроорганизмов, которые невозможно выявить обычными методами или культи­вировать (например, HBV, HCV, HPV, Anaplasma phagocytophilum [formerly Ehrlichia\, Trophe- ryma whippelii, парвовирусы, астровирусы, калицивирусы).

Методики особенно полезны при начатой противомикробной терапии еще до выделения культуры и окрашивания по Граму, а также при отрицательных мазке и культуре.

Идентификация избирательных, медленно растущих микроорганизмов (например, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophiliae, некоторые патогенные грибы).

Идентификация особо опасных микроорганизмов без культивирования (например, Francisella tularensis, ВИЧ, Brucella spp., вирусы геморрагических лихорадок, Coccidioides immitis, Coxiella burnetii).

Идентификация ранее неизвестных инфекционных агентов.

Идентификация микроорганизмов, присутствующих в очень малых количествах (например, ЦМВ в органах-трансплантатах, ВПГ в ЦСЖ при энцефалитах, ВИЧ у антитело-отрицательных паци­ентов) или в мелких образцах (например, внутриглазная жидкость на ВПГ, ЦМВ, ВЭБ, вирус ве­тряной оспы или опоясывающего лишая; судебные образцы).

Усиливающаяся плотность ДНК коррелирует с микробной плотностью (например, Plasmodium vivax, Borrelia burgdorferi, Chlamydia trachomatis, ВПГ).

Мониторинг прогрессирования болезни или ее начала или мониторинг терапии (например, степень вирусной нагрузки ВИЧ).

Чем больше выделяется антигенов, тем хуже прогноз заболевания и выше степень развития ослож­нений.

Анализ лекарственной чувствительности (например, определение антимикробной устойчивости ге­нов или мутаций, как у метициллинустойчивого штамма Staphylococcus aureus).

Дифференцировка антигенно схожих микроорганизмов (например, типы 16 и 18 ВПЧ сравнимы с типами 6 и 11, ассоциированными с цервикальным раком).

Молекулярная эпидемиология и инфекционный контроль (идентификация источника заболевания

при вспышках в стационарах или в группе лиц).

Диагностика заболевания путем характеристики генетического материала без прямой идентифика­ции инфекционного агента (например, токсины Clostridium difficile, Е. coli 0157 . Н7, синдром токсического шока, вызванного стафилококками, стафилококковые энтеротоксины, стрепто­кокковые пиогенные экзотоксины).

Связь микроорганизмов с развитием опухолевых заболеваний (например, ВГЧ-8 с саркомой Капоши).

Бактерии

Bacillus anthracis.

Bartonella henselae.

Bordetella pertussis.

Borrelia spp. (возвратный тиф).

Borrelia burgdorferi (болезнь Лайма).

Brucella spp.

Chlamydia trachomatis.

Токсины Clostridium difficile А и В.

Francisella tularensis.

Klebsiella pneumonia.

Legionella spp.

Listeria monocytogenes в ЦСЖ.

Mycobacterium tuberculosis.

Neisseria gonorrhoeae.

Pseudomonas aeruginosa.

Staphylococcus aureus в плевральной жидкости.

Tropheryma whippelii (болезнь Уиппла).

Yersinia pestis.

Вирусы

Аденовирус.

Вирус колорадской клещевой лихорадки.

Коронавирус.

Вирус Эпштейна — Барр (ВЭБ).

Вирусы гепатита В и С.

Вирус простого герпеса (ВПГ).

Вирус папилломы человека (ВПЧ).

ВИЧ-1.

Т-лимфотропный вирус человека типа 1 и 2 (HTLV—I, II).

Вирус гриппа типа А.

Болезнь Крейтцфельда — Якоба.

Вирус парагриппа.

Парвовирус В19.

Респираторный синцитиальный вирус (РСВ).

Ротавирус.

Вирус ветряной оспы или опоясывающего лишая.

Грибы

Candida sp.

Cryptococcus neoformans — менингит, определяемый в ЦСЖ, моче, сыворотке.

Pneumocystis jiroveci (ранее carinii) — пневмонит.

Паразиты

Cryptosporidium parvum.

Entamoeba histolytica! особенно в материале при абсцессе печени.

Giardia lamblia.

Taenia solium (цистициркоз).

Toxoplasma gondii.

Trichinella spiralis.