Ведущий принцип лечения ИЭ - ранняя, массивная и длительная (не менее 4-6 недель) антибактериальная терапия с учетом чувствительности выделенного возбудителя к антибиотикам. Следует применять антибиотики, оказывающие бактерицидное действие, а именно р-лактамы (пенициллины, цефалоспорины, аминогликозиды (гентамицин, амикацин, нетилмицин), гликопептиды, оксазолидиноны (линезолид), липопептиды (даптомицин) амфотерицин В, флуцитозин, флуконазол, вориконазол,. Сюда же относятся больные с перенесенным ИЭ в анамнезе и сложными «синими» врожденными порками сердца (тетрада Фалло и др.). Этим больным перед выполнением различных стоматологических манипуляций, сопровождающихся нарушением целостности слизистой оболочки полости рта, необходим профилактический однократный прием антибиотиков (амоксициллин, клиндамицин).
Прогноз определяется видом микроба — инфектогена, фоновой сердечной патологией, характером течения процесса, наличием осложнений, своевременностью и адекватностью лечения. Возможно полное выздоровление с благоприятным отдаленным прогнозом при отсутствии эмболии, признаков сердечной и почечной недостаточности. Однако, несмотря на достижения современной клинической медицины, летальность при ИЭ остается высокой (20-45%).