Виды Aspergillus.

Blastomyces dermatitis.

Виды Candida.

Coccidioides immitis.

Виды Cryptococcus.

Histoplasma capsulatum.

Pneumocystis jiroveci (ранее carinii).

Zygomycetes.

Мазки

  •  Количество более 1 микроорганизма в капле жидкости организма пациента (например, в моче) эквивалентно > 105/мл в культуре.
  •  Наличие полиморфных нейтрофилов скорее скажет о гнойном процессе, нежели колонизация об­разца.
  •  Обилие эпителиальных клеток (> 10/в поле зрения) с относительно небольшим количеством по­лиморфных клеток говорит о скудности образца мокроты.

Окраска по Граму разделяет все бактерии на две группы: грамположительные (удерживают кристалл-виолет) и грамотрицательные (не удерживают кристалл-виолет). Окраска по Граму — первый этап идентификации микроорганизма.

Гимза/Райт

 Окрашивание на малярию и бабезиоз.

 Препарат Tzanck на простой герпес и вирус опоясывающего лишая.

Окрашивание кислотоустойчивых микроорганизмов

Окрашивание на микобактерии (низкая чувствительность — требует 5 х 103 бацилл/мл) и виды Nocardia.        .

Специальное окрашивание

 Окрашивание серебром (например, Treponema pallidum, Bartonella henselae, Pneumocystis carinii).

 ШИК-окрашивание грибов.

 Флуоресцирующие антитела и иммуноцитохимические красители.

Влажные препараты

 Соляной раствор на трихомонады.

 КОН на грибы.

 Индийские чернила на Cryptococcus neoformans.

 Темновая микроскопия при сифилисе.

Заболевания, причину которых можно определить исследованием мазка периферической крови на микроорганизмы

Мазок крови Малярия (Plasmodium).

Чума (Yersinia ).

Возвратный тиф (Borrelia).

Эрлихиоз.

Бабезиоз.

Менингококцемия.

Диссеминированный гистоплазмоз.

Лимфатический филяриоз.

Острая фаза трипаносомоза.

Посев крови

Выполняют сразу после развития озноба или лихорадки.

До начала антимикробной терапии.

Если пациент получает антимикробную терапию, то используют смолы для обработки образЦО|? крови.

Берут 2—3 культуры с интервалом 30—60 минут; более короткий временной интервал допустим при неотложном начале лечения.

Берут 2—3 культуры в каждый септический эпизод или 1 раз в сутки.

На каждую культуру требуется 20—30 мл крови. Для идентификации некоторых микроорганизмов может потребоваться больший объем.

Используют аэробные и анаэробные техники.

Кровь из венозного катетера не берут, кроме случаев, когда нет доступных вен, также не берут кровь с пупочного артериального катетера у новорожденных.

Специальные методики применяются при подозрении на грибковую или микобактериальную этио­логию заболевания; рутинные методы дают отрицательный результат в 66% случаев диссемини­рованного грибкового заболевания.

Применяется определенная асептическая методика; процент контаминации должен быть <3% в месяц.

Контаминация предполагается в случаях

  •  Только одна из культур положительна (90% случаев).
  •  Тип микроорганизма:

истинная инфекция почти всегда присутствует при выделении стрептококков (группа незеленящих стрептококков), аэробных и факультативных грамотрицательных палочек, анаэробных кокков и грамотрицательных палочек, дрожжей (возможно исключение: Candida tropicalis); распространенными контаминантами являются viridans streptococci, Staphylococcus epidermidis, Bacillus spp., P. acnes, Corynebacterium sp., Clostridiumperfringens, Candida tropicalis.

Если культура крови положительна, то FISH помечает рибосомальную РНК, что позволяет быстро идентифицировать распространенные патогены (Enterobacteriaceae, Staphylococcus sp., Strep- tococcus sp., Enterococcus sp., Pseudomonas aeruginosa, Candida sp.).

Наличие антител класса IgM или увеличение титра IgG в 4 раза и выше в сыворотках периода острая фаза — фаза выздоровления, взятых в течение 30 дней, свидетельствует о свежей инфекции.

Как правило, наличие IgG свидетельствует о перенесенной инфекции и возможном развитии имму­нитета.

Диагностика врожденных инфекций предусматривает анализ сыворотки и матери, и младенца. Пассивно приобретенные антитела у новорожденных разрушаются к 2-3-му месяцу жизни (см. материалы о СПИД). Неизменный к 2-3-му месяцу жизни или повышающийся уровень ан­тител указывает на активную инфекцию. Отсутствие антител у матери исключает врожденную инфекцию у новорожденного.

Для острой инфекции характерен 4-кратный подъем титра в парных сыворотках или повыше­ние IgM (обычно > 1 I 8, но значения могут варьировать в зависимости от вида микроорганизма).

В некоторых случаях очень высокие титры IgG могут быть диагностическими.

Перекрестная реакция и неспецифическая преципитация могут развиться с некоторыми анти­сыворотками и между различными микроорганизмами.

Бактерии

Bartonella henselae.

Bordetella pertussis.

Borrelia spp. (возвратный тиф).

Borrelia burgdorferi (болезнь Лайма).

Brucella spp.

Токсин Clostridium botulinum.

Токсин Clostridium tetani.

Токсин Corynebacterium diphtheriae.

Anaplasma phagocytophilum [ранее Ehrlichia] (человеческий моноритарный эрлихиоз) Ehrlichia chaffeensis (человеческий моноритарный эрлихиоз).

Токсин Е. coli 0157.

Francisella tularensis.

Haemophilus influenzae тип b.

Helicobacter pylori.

Legionella pneumophila.

Leptospira spp.

Salmonella typhi.

Treponema pallidum.

Yersinia pestis.

Хламидии/Микоплазмы

Chlamydia spp.

Mycoplasma pneumonia.

Риккетсии

Coxiella burnetii (лихорадка Ky).

Rickettsia typhi (мышиный тиф).

Rickettsia rickettsii (пятнистая лихорадка Скалистых гор).

Rickettsia tsutsugamushi (японская речная лихорадка, кустарниковый клещевой тиф).

Грибы

Aspergillus spp.

Blastomyces dermatidis.

Candida spp.

Coccidioides immitis.

Cryptococcus neoformans.

Histoplasma capsulatum.

Penicillium mameffei.

Sporothrix schenckii.

Zygomycetes.

Паразиты Babesia microti.

Echinococcus spp.

Entaboeba histolytica.

Fasciola hepatica.

Филяриоз.

Giardia lamblia.

Leishmania spp.

Paragonimus westermani.

Plasmodium spp.

Schistosoma spp.

Strongyloides stercoralis.

Taenia solium.

Toxocara canis.

Toxoplasma gondii.

Trichinella spiralis.

Trypanosoma cruzi.

Молекулярная биология

Molecular Biology

Включает анализ нуклеиновой кислоты (например, типы 1 и 2 ВПГ, ВПЧ, N. gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis) и методы, основанные на определении генотипа для исследования лекарственной устойчивости (например, ген тес А для выявления метициллинустойчивых штаммов стафило­кокков и штаммотипирования).

Ген тес-А определяет восприимчивость к метициллину у Staphylococcus aureus.

Анализ лекарственной устойчивости/восприимчивости

Drug Resistance/Susceptibility Testing

Все чаще для определения лекарственной устойчивости используют методы молекулярной био­логии.

Бактерицидный титр сыворотки

Такое разведение сыворотки, при котором она способна убить > 99,9% оригинального бактериаль­ного прививочного материала за 18-24 часов, если пациент получает антибиотикотерапию (обыч­но для бактериального эндокардита; также для остеомиелита, септического артрита, эмпиемы, для пациентов, получавших многократно антибиотикотерапию, иммуносупрессивных пациен­тов с сепсисом). Использование ЦСЖ или мочи вместо сыворотки адаптировано для диагностики бактериальных менингитов и инфекций мочеполового тракта. Как правило, есть корреляция с концентрацией мясного бульона, убивающей микроорганизмы in vitro. Также можно устано­вить ингибиторную активность сыворотки. В результате можно определить антимикробный уро­вень. Метод не стандартизован и требуется 3 дня. Много сомнений относительно клинического значения метода.

Исследование b-лактамаз

Йодометрические, ацидометрические, хромогенные цефалоспориновые методы.

Положительный результат

  •  Указывает на устойчивость Haemophilus spp., N. gonorrhoeae and M. catarrhalis к пенициллину, ампициллину и амоксициллину.
  •  Указывает на устойчивость стафилококков и энтерококков к пенициллину, ациламино-, карбок- си- и уреидопенициллину.

1/3 стафилококковых бактериемий первична; предрасполагающие факторы снижают иммунный статус (например, сахарный диабет, новообразования, стероидная терапия, гемодиализ).

Этиология бактериемий

Обеспечивают быстрое, специфичное, надежное выявление основных антигенов. При бактериаль­ных менингитах ЦСЖ является лучшим экземпляром; моча иногда полезна для установления диагноза; сыворотка крови обычно бесполезна. Чувствительность может быть доказана путем анализа сыворотки, мочи и ЦСЖ.

Наиболее эффективны эти методы для идентификации Haemophilus influenzae типа В, Streptococcus

pneumoniae, Neisseria meningitidis (группы А и С), стрептококков группы В. Отрицательный ре­зультат исследования однозначно не исключает инфекцию, обусловленную микроорганизмом

  •  CIE и латексная агглютинация замещены более чувствительными и специфичными молекуляр­ными биологическими тестами для выявления основных бактериальных антигенов в любой жид­кости организма (ЦСЖ, сыворотка, моча, суставная жидкость).
  •  ТИФА в значительной степени заменил радиоиммунное обследование (РИО). Комплекты ТИФА для определения групп (3-гемолитического стрептококка доступны. Ч/С ниже, чем в культуре.
  •  Иммунная ПЦР дает чувствительность определения Staphylococcus aureus,1 Escherichia coli, Streptococcus группы А выше (100-105-fold), чем ТИФА.

Для вирусов см. ниже.

Применение

Повышенный Ч/С для идентификации. Чувствительность выше, чем культура на вирусы.

Более ранняя диагностика: до появления антител в серологических тестах.

Подтверждение культуры.

Не требуются особые условия транспортировки материала.

Идентификация микроорганизмов, которые невозможно выявить обычными методами или культи­вировать (например, HBV, HCV, HPV, Anaplasma phagocytophilum [formerly Ehrlichia\, Trophe- ryma whippelii, парвовирусы, астровирусы, калицивирусы).

Методики особенно полезны при начатой противомикробной терапии еще до выделения культуры и окрашивания по Граму, а также при отрицательных мазке и культуре.

Идентификация избирательных, медленно растущих микроорганизмов (например, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophiliae, некоторые патогенные грибы).

Идентификация особо опасных микроорганизмов без культивирования (например, Francisella tularensis, ВИЧ, Brucella spp., вирусы геморрагических лихорадок, Coccidioides immitis, Coxiella burnetii).

Идентификация ранее неизвестных инфекционных агентов.

Идентификация микроорганизмов, присутствующих в очень малых количествах (например, ЦМВ в органах-трансплантатах, ВПГ в ЦСЖ при энцефалитах, ВИЧ у антитело-отрицательных паци­ентов) или в мелких образцах (например, внутриглазная жидкость на ВПГ, ЦМВ, ВЭБ, вирус ве­тряной оспы или опоясывающего лишая; судебные образцы).

Усиливающаяся плотность ДНК коррелирует с микробной плотностью (например, Plasmodium vivax, Borrelia burgdorferi, Chlamydia trachomatis, ВПГ).

Мониторинг прогрессирования болезни или ее начала или мониторинг терапии (например, степень вирусной нагрузки ВИЧ).

Чем больше выделяется антигенов, тем хуже прогноз заболевания и выше степень развития ослож­нений.

Анализ лекарственной чувствительности (например, определение антимикробной устойчивости ге­нов или мутаций, как у метициллинустойчивого штамма Staphylococcus aureus).

Дифференцировка антигенно схожих микроорганизмов (например, типы 16 и 18 ВПЧ сравнимы с типами 6 и 11, ассоциированными с цервикальным раком).

Молекулярная эпидемиология и инфекционный контроль (идентификация источника заболевания

при вспышках в стационарах или в группе лиц).

Диагностика заболевания путем характеристики генетического материала без прямой идентифика­ции инфекционного агента (например, токсины Clostridium difficile, Е. coli 0157 . Н7, синдром токсического шока, вызванного стафилококками, стафилококковые энтеротоксины, стрепто­кокковые пиогенные экзотоксины).

Связь микроорганизмов с развитием опухолевых заболеваний (например, ВГЧ-8 с саркомой Капоши).

Бактерии

Bacillus anthracis.

Bartonella henselae.

Bordetella pertussis.

Borrelia spp. (возвратный тиф).

Borrelia burgdorferi (болезнь Лайма).

Brucella spp.

Chlamydia trachomatis.

Токсины Clostridium difficile А и В.

Francisella tularensis.

Klebsiella pneumonia.

Legionella spp.

Listeria monocytogenes в ЦСЖ.

Mycobacterium tuberculosis.

Neisseria gonorrhoeae.

Pseudomonas aeruginosa.

Staphylococcus aureus в плевральной жидкости.

Tropheryma whippelii (болезнь Уиппла).

Yersinia pestis.

Вирусы

Аденовирус.

Вирус колорадской клещевой лихорадки.

Коронавирус.

Вирус Эпштейна — Барр (ВЭБ).

Вирусы гепатита В и С.

Вирус простого герпеса (ВПГ).

Вирус папилломы человека (ВПЧ).

ВИЧ-1.

Т-лимфотропный вирус человека типа 1 и 2 (HTLV—I, II).

Вирус гриппа типа А.

Болезнь Крейтцфельда — Якоба.

Вирус парагриппа.

Парвовирус В19.

Респираторный синцитиальный вирус (РСВ).

Ротавирус.

Вирус ветряной оспы или опоясывающего лишая.

Грибы

Candida sp.

Cryptococcus neoformans — менингит, определяемый в ЦСЖ, моче, сыворотке.

Pneumocystis jiroveci (ранее carinii) — пневмонит.

Паразиты

Cryptosporidium parvum.

Entamoeba histolytica! особенно в материале при абсцессе печени.

Giardia lamblia.

Taenia solium (цистициркоз).

Toxoplasma gondii.

Trichinella spiralis.

 Терапевтический лекарственный мониторинг

Drug Monitoring, Therapeutic

Применение

Когда грань между терапевтической и токсической концентрацией препарата малозаметна (напри­мер, аминогликозиды, ванкомицин).

У пациентов с почечной недостаточностью.

Выявление эндотоксина

Endotoxin Detection

Наличествует у всех видов грамотрицательных микроорганизмов. Новейшие виды анализов выявля­ют усовершенствованный хемилюминесцентный ответ нейтрофилов на комплексные антитела.

Неспецифичные индикаторы инфекционных болезней

Infectious Disease Indicators, Nonspecific

Острофазовые показатели.

LAL-тест выявляет следы эндотоксина всех грамотрицательных бактерий (включая Е. coli, Neisseria meningitidis, Н. influenzae) в жидкостях организма (например, кровь, моча, БАЛ). Присутствие эндотоксина в ЦСЖ является чувствительным индикатором грамотрицательного бактериально­го менингита, но его быстрое исчезновение из крови может сделать сывороточный тест менее надежным.